地形地貌：内蒙古库都尔河国家湿地公园内地形东高西低，比较平缓，洼塘地常年积水内涝形成连片沼泽。库都尔河从东向西贯穿湿地，湿地内地势起伏较小，海拔高度在780m～900m之间。

气候：内蒙古库都尔河国家湿地公园位于大兴安岭腹地，属于寒温带湿润型大陆性季风气候区。受蒙古高原气压的长期控制以及西伯利亚大陆性气团和东南季风的影响，冬季严寒干燥而漫长，一年有215d～220d温度在0℃以下，积雪日达到158d，为我国最寒冷的地区之一。夏季短暂而温热，春季多风而干旱，秋季降温急骤，常有霜冻。年日照数达2765.8h，冬至日照为7h，夏至日照长达18h。无霜期短，历年平均无霜期约为100d，每隔3年～5年出现一次低温、潮湿、降雨量增高的现象。温差、年较差和日较差都很大，由于温差大，形成春旱秋雨，年降雨量为450mm～550mm，且60%集中在6月～8月，对植物生长较为有利。受贝加尔湖冷空气的影响，地区最常见气流是西南风和西北风，风速一般为2m/s～3m/s，最大风速达22m/s。

水文：库都尔河由东向西贯穿内蒙古库都尔河国家湿地公园，湿地内河长19.4km，水质优良，达到《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）中规定的Ⅱ类标准。地下水大部分为潜水，来源以大气降水渗入补给为主，水源丰富，埋藏浅，水质优良。

土壤：内蒙古库都尔河国家湿地公园内土壤分布类型主要有：棕色针叶林土、灰色森林土、黑钙土等地带性土壤与草甸土、沼泽土等非地带性土壤。